17 августа 1563 года король Карл IX был объявлен совершеннолетним. Хотя это событие абсолютно ничего не изменило во французском королевском доме. Король Карл IX никогда не был в состоянии управлять государством самостоятельно и проявлял минимум интереса к правительству.
Карл IX был также склонен к истерикам, перешедшим со временем в всплески неконтролируемой ярости. Он страдал от одышки – признака туберкулеза, который в конце концов и приведет его к могиле. Тем не менее, устройством династических браков, Екатерина Медичи стремилась расширить и укрепить интересы дома Валуа.
В 1570 году Карла IX сочетали браком со старшей дочерью австрийского императора Максимилиана II, Елизаветой Австрийской. Мать-королева Екатерина Медичи не забыла и про свою младшую дочь Маргариту, которую она видела невестой Филиппа II Испанского. Впрочем, вскоре у Екатерины появились планы объединить интересы Бурбонов и Валуа, браком Маргариты и Генриха Наварского.
Однако, Маргарита поощряла внимание к себе, Генриха де Гиза, сына покойного герцога Франсуа де Гиза. Когда об этом узнали Екатерина и Карл IX, злости их не было предела, они вызволили Маргариту с её постели, и избили, выдрав пучки ее волос и разорвав ее ночное белье. Генрих де Гиз сбежал из Парижа. Возможно, именно это происшествие и явилось расколом между Екатериной Медичи и Гизами. Королева Наваррская Жанна согласилась на брак между её сыном Генрихом и Маргаритой с условием что Генрих и впредь будет придерживаться Гугенотской веры.
Однако, вскоре после прибытия сорокачетырёхлетней Жанны в Париж, она заболела и умерла. Негласно Екатерина была обвинена в убийстве Жанны с помощью отравленных перчаток. Свадьба Генриха Наваррского и Маргариты Валуа тем не менее состоялась 18 августа 1572 года в Соборе Парижской Богоматери.
С именем Екатерины Медичи связано одно из самых кровавых событий истории Франции – Варфоломеевская ночь. Резня, которая началась пять дней спустя после свадьбы, запятнала репутацию Екатерины несмываемо. Нет никаких сомнений, что именно она стояла за решением 23 августа, когда Карл IX распорядился: «Тогда убейте их всех, убейте их всех!».
Ход мыслей был ясен, Екатерина и ее советники ожидали Гугенотское восстание, поэтому они решили нанести удар первыми и уничтожить гугенотских лидеров во время их пребывания в Париже на свадьбе Маргариты Валуа и Генриха Наваррского.